[Giải đáp] Mua hàng từ doanh nghiệp bỏ trốn có được khấu trừ thuế GTGT?

Trong hoạt động kinh doanh, việc gặp phải các đối tác "bỏ trốn" hoặc ngừng hoạt động đột ngột là rủi ro pháp lý cực lớn đối với bên mua. Câu hỏi khiến nhiều kế toán và chủ doanh nghiệp lo lắng nhất là: "Hóa đơn của những doanh nghiệp này có được khấu trừ thuế GTGT không?". Sự mơ hồ trong việc bóc tách giữa giao dịch thật và hành vi mua bán hóa đơn khống có thể dẫn đến các án phạt hành chính nặng nề, thậm chí là truy cứu trách nhiệm hình sự. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết dựa trên các quy định mới nhất tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP để giúp bạn có phương án xử lý rủi ro hóa đơn đầu vào một cách an toàn nhất.

1. Nhận biết hóa đơn doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động

Để phát hiện và phòng tránh rủi ro khi tiếp nhận hóa đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn, bộ phận kế toán cần chủ động thực hiện các bước kiểm tra, xác minh sau:

• Tra cứu tình trạng hóa đơn trên cổng thông tin của Tổng cục Thuế http://tracuuhoadon.gdt.gov.vn nhằm xác định hóa đơn còn giá trị sử dụng hay đã bị cảnh báo, ngừng hoạt động.
• Kiểm tra trạng thái pháp lý của doanh nghiệp phát hành hóa đơn bằng cách tra cứu mã số thuế trên website http://tracuunnt.gdt.gov.vn/tcnnt/mstdn.jsp , qua đó xác định doanh nghiệp còn hoạt động, tạm ngừng hay đã giải thể.
• Xác minh tính thực tế của giao dịch hàng hóa, bao gồm: hợp đồng mua bán (nếu có), địa điểm và thời điểm giao nhận, phương thức giao nhận, chi phí và phương tiện vận chuyển, chủ sở hữu hàng hóa cũng như nguồn gốc hàng hóa trước khi bàn giao.
• Rà soát hình thức thanh toán, làm rõ ngân hàng giao dịch, chủ tài khoản nhận tiền, phương thức thanh toán, tần suất giao dịch và đầy đủ chứng từ thanh toán hợp lệ.
• Đối với hoạt động xuất khẩu, cần kiểm tra tờ khai hải quan có xác nhận hàng đã thực xuất, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và vận đơn liên quan (nếu phát sinh).

Việc kiểm tra toàn diện ngay từ khâu tiếp nhận chứng từ sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu nguy cơ sử dụng hóa đơn không hợp pháp và tránh các rủi ro về thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra sau này.

Xem thêm: Luật Thuế GTGT mới nhất: Những thay đổi doanh nghiệp cần biết

2. Mua hàng từ doanh nghiệp bỏ trốn có được khấu trừ thuế GTGT?

Căn cứ vào Công văn số 11797/BTC-TCT ngày 22/08/2014 của Bộ Tài chính, việc xử lý thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng kinh doanh sẽ được chia thành các trường hợp cụ thể dựa trên tình trạng kê khai và kết quả xác minh thực tế. Cụ thể, có 4 trường hợp pháp lý điển hình như sau:

Trường hợp 1: Nếu hóa đơn phát sinh trước khi doanh nghiệp bỏ trốn

• Cơ sở kinh doanh mua hàng có trách nhiệm và nghĩa vụ chứng minh giao dịch mua bán là có thật. Hồ sơ chứng minh bao gồm nhưng không giới hạn: Hợp đồng kinh tế, biên bản giao nhận hàng hóa, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và các chứng từ khác liên quan.
• Nếu cơ sở kinh doanh chứng minh được giao dịch thực tế đúng quy định pháp luật, thì được phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại thời điểm phát sinh hóa đơn đó.

Trường hợp 2: Hóa đơn phát sinh sau thời điểm doanh nghiệp bán bỏ trốn

• Tại thời điểm lập hóa đơn, doanh nghiệp bán đã bị cơ quan thuế đóng mã số thuế hoặc ra thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Do đó, hóa đơn phát sinh trong giai đoạn này được xác định là hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn khống, không có giá trị sử dụng).
• Cơ sở kinh doanh mua hàng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với các hóa đơn này.

Trường hợp 3: Doanh nghiệp đã kê khai thuế GTGT đầu vào trước thời điểm doanh nghiệp bán bỏ trốn

• Cơ sở kinh doanh mua hàng đã hoàn tất thủ tục kê khai thuế GTGT theo quy định tại thời điểm doanh nghiệp bán vẫn đang hoạt động bình thường trên hệ thống dữ liệu của cơ quan thuế.
• Cơ sở kinh doanh được phép khấu trừ số thuế GTGT đầu vào đã kê khai. Việc xác định bỏ trốn diễn ra sau thời điểm kê khai không làm ảnh hưởng đến tính hợp lệ của thủ tục hành chính đã thực hiện trước đó (tuy nhiên doanh nghiệp vẫn phải chịu trách nhiệm giải trình tính xác thực của giao dịch khi có thanh tra, kiểm tra)

Trường hợp 4: Doanh nghiệp chưa kê khai thuế GTGT đầu vào trước thời điểm doanh nghiệp bán bỏ trốn

• Hóa đơn phát sinh hợp lệ (trước ngày bỏ trốn) nhưng đến thời điểm thực hiện kê khai thì doanh nghiệp bán đã có thông báo bỏ trốn/ngừng hoạt động.
• Đối với Thuế GTGT: Cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại thời điểm kê khai sau khi doanh nghiệp bán đã bỏ trốn.
• Đối với Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Nếu cơ sở kinh doanh chứng minh được việc mua bán là có thật, phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh (có đầy đủ Hợp đồng, chứng từ thanh toán, phiếu nhập kho...), thì giá trị hàng hóa mua vào được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN (theo nguyên tắc thực tế phát sinh chi phí).

Việc có được khấu trừ thuế GTGT hay không phụ thuộc vào nhiều yếu tố và từng thời điểm cụ thể. Áp dụng sai có thể dẫn đến bị truy thu và xử phạt. Dịch vụ tư vấn Thuế Ecomtax sẽ hỗ trợ bạn:

• Tư vấn và chỉ ra những sai sót cần tránh trong các chính sách về thuế
• Tư vấn trình tự các bước xử lý hóa đơn, chứng từ có liên quan
• Đề xuất hướng xử lý phù hợp theo quy định

Nội dung bắt buộc phải có khi Thanh tra, xác minh

Theo công văn 11797/BTC-TCT để bảo vệ phần thuế được khấu trừ, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ để Cơ quan Thuế đối chiếu 3 nội dung cốt lõi: Hàng hóa, Thanh toán và Xuất khẩu (nếu có).

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải thực hiện xác minh, đối chiếu với doanh nghiệp có quan hệ mua bán về một số nội dung.

+ Kiểm tra, xác minh về hàng hóa: Hợp đồng mua bán hàng hóa (nếu có); hình thức giao nhận hàng hóa; địa điểm giao nhận hàng hóa; phương tiện vận chuyển hàng hóa; chi phí vận chuyển hàng hóa; chủ sở hữu hàng hóa và nguồn gốc hàng hóa (trước thời điểm giao nhận hàng hóa)

+ Kiểm tra xác minh về thanh toán: Ngân hàng giao dịch; đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch; số lần thực hiện giao dịch; hình thức thanh toán; chứng từ thanh toán.

+ Kiểm tra xác minh về xuất khẩu hàng hóa: Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất của Cơ quan hải quan; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Vận đơn (nếu có).

Kết quả xử lý: Khi nào được khấu trừ, khi nào bị xử lý hình sự?

Sau khi thanh tra, nếu chứng minh được giao dịch là thực tế và hợp pháp, doanh nghiệp sẽ được bảo toàn quyền lợi khấu trừ và hoàn thuế. Ngược lại, nếu phát hiện gian lận sẽ chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra. Cụ thể: 

Qua thanh tra, kiểm tra nếu xác minh được việc mua bán hàng hóa là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT; đồng thời yêu cầu doanh nghiệp cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Quyền lợi về số thuế phải nộp trong thời gian chờ đợi

Một điểm quan trọng doanh nghiệp cần biết là trong thời gian tạm dừng khấu trừ để chờ kết luận, doanh nghiệp sẽ chưa bị tính phạt nộp chậm đối với số thuế phát sinh tăng thêm do việc tạm dừng này gây ra. Theo Công văn 11797/BTC-TCT:

3. Nếu việc tạm dừng khấu trừ thuế dẫn đến tăng số thuế GTGT phải nộp thì Cơ quan thuế có trách nhiệm tổng hợp, theo dõi các trường hợp này, chưa yêu cầu nộp và chưa tính phạt nộp chậm chờ kết luận chính thức của Cơ quan có thẩm quyền.

Đọc thêm: [Cập Nhật Mới] Đối tượng chịu thuế suất GTGT 0% từ ngày 01/07

3. Mức xử phạt khi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp

Rủi ro lớn nhất khi sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn mà không có giao dịch thật là bị quy vào hành vi "Sử dụng hóa đơn không hợp pháp". Đây là lỗi vi phạm nghiêm trọng có mức phạt tài chính rất nặng.

• Về xử phạt hành chính: Theo quy định tại Điều 28 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt cho hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp dao động từ 20.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng.
  Ngoài ra, nếu việc sử dụng hóa đơn này dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, doanh nghiệp còn bị xử phạt theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

đ) Sử dụng chứng từ không hợp pháp; sử dụng không hợp pháp chứng từ; sử dụng chứng từ, tài liệu không phản ánh đúng bản chất giao dịch hoặc giá trị giao dịch thực tế để xác định sai số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, giảm, số tiền thuế được hoàn; lập thủ tục, hồ sơ hủy vật tư, hàng hóa không đúng thực tế làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế được hoàn, được miễn, giảm;

• Về xử lý hình sự: Nếu số tiền trốn thuế đạt ngưỡng từ 100 triệu đồng trở lên, cá nhân chủ doanh nghiệp và kế toán có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự với khung hình phạt tù từ 03 tháng đến 07 năm.

4. Cách phòng tránh trường hợp rủi ro hóa đơn đầu vào

Để bảo vệ shop trước những rủi ro từ phía đối tác, bạn cần thiết lập một quy trình quản lý hóa đơn đầu vào chặt chẽ và chuyên nghiệp.

• Tra cứu trạng thái đối tác định kỳ: Đừng chỉ kiểm tra một lần khi ký hợp đồng. Kế toán cần tập thói quen tra cứu MST của nhà cung cấp thường xuyên, đặc biệt là trước mỗi kỳ kê khai thuế quý hoặc tháng.
• Hoàn thiện bộ hồ sơ chứng minh giao dịch thật: Luôn giữ đầy đủ các chứng từ đi kèm hóa đơn như: Hợp đồng kinh tế, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, biên bản nghiệm thu. Đặc biệt, với hóa đơn trên 20 triệu đồng, bắt buộc phải thanh toán qua tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp (không thanh toán vào tài khoản cá nhân của chủ doanh nghiệp bỏ trốn).
• Minh bạch trong lựa chọn nhà cung cấp: Hạn chế mua hàng trôi nổi từ các đơn vị không có địa chỉ rõ ràng hoặc chào mời hóa đơn với giá rẻ. Giá trị của việc "minh bạch" chính là sự an tâm tuyệt đối khi CQT thực hiện hậu kiểm.

Mua hàng từ doanh nghiệp bỏ trốn là rủi ro khó tránh khỏi hoàn toàn, nhưng cách Shop ứng phó và chuẩn bị hồ sơ sẽ quyết định việc bạn có bị mất tiền thuế hay không. Hãy nhớ rằng: Thanh tra Thuế chỉ tin vào bằng chứng. Việc bóc tách dòng tiền, tách bạch tài khoản và lưu trữ chứng từ giao dịch thật chính là chiếc khiên bảo vệ Shop vững chắc nhất.

Bạn đang lo lắng về hệ thống hóa đơn đầu vào của Shop? Hãy để Nhanh.vn đồng hành cùng bạn trên lộ trình rà soát rủi ro và an toàn pháp lý tuyệt đối!

- Các thông tin giải đáp và tư vấn ở trên được chúng tôi cung cấp cho khách hàng của Nhanh.vn. Nếu quý khách có bất kỳ câu hỏi nào hay cần hỗ trợ, vui lòng liên hệ qua email: contact@nhanh.vn  
- Nội dung bài viết này chỉ nhằm mục đích tham khảo thông tin; 
- Xin lưu ý các điều khoản được đề cập có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc.