[CHI TIẾT] ĐIỂM MỚI Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2025

Thông tư 89/2026/TT-BTC được ban hành nhằm hướng dẫn thực hiện Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2025, bổ sung nhiều quy định quan trọng về đăng ký thuế, kê khai, nộp thuế và quản lý người nộp thuế. Dưới đây là những điểm mới đáng chú ý.

1. Thông tư 89/2026/TT-BTC bãi bỏ loạt Thông tư lĩnh vực thuế từ 01/7/2026

Theo quy định tại Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC đã bãi bỏ loạt Thông tư lĩnh vực thuế từ 01/7/2026 như sau:

- Thông tư 179/2013/TT-BTC ngày 02 tháng 12 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện xóa nợ tiền thuế, tiền phạt không có khả năng thu hồi phát sinh trước ngày 01 tháng 7 năm 2007;

- Thông tư 103/2014/TT-BTC ngày 06 tháng 8 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam;

- Thông tư 92/2015/TT-BTC ngày 15 tháng 6 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân cư trú có hoạt động kinh doanh;

- Thông tư 96/2016/TT-BTC ngày 28 tháng 6 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn hồ sơ, thủ tục miễn thuế thu nhập cá nhân đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam;

- Thông tư 97/2016/TT-BTC ngày 28 tháng 6 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn hồ sơ, thủ tục miễn thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân là người Việt Nam làm việc tại cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc tại Việt Nam;

- Thông tư 84/2016/TT-BTC ngày 17 tháng 6 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục thu nộp ngân sách nhà nước đối với các khoản thuế và thu nội địa;

- Thông tư 19/2021/TT-BTC ngày 18 tháng 3 năm 2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế và Thông tư 46/2024/TT-BTC ngày 09 tháng 7 năm 2024 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;

- Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế;

- Thông tư 94/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính;

- Thông tư 21/2026/TT-BTC ngày 17 tháng 3 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 80/2021/TT-BTC.

2. Khai thuế TNCN theo quý và quyết toán năm đối với thu nhập từ tiền lương tiền công

Căn cứ tại Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định như sau:

Khai thuế thu nhập cá nhân

1. Khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:

a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai theo quý và quyết toán năm như sau:

a.1) Trường hợp khai theo quý: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý;

a.2) Trường hợp khai quyết toán năm:

a.2.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho các cá nhân có ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế, không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế;

...

Như vậy, từ ngày 01/7/2026, tổ chức và cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công chỉ thực hiện khai thuế thu nhập cá nhân theo quý và quyết toán thuế năm, thay vì phải khai thuế theo tháng như quy định trước đây.

3. Quy định mới về giao dịch điện tử trong quản lý thuế

Chương II Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết về giao dịch điện tử trong quản lý thuế. Theo đó, cơ quan thuế, người nộp thuế và các tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện giao dịch điện tử trong quản lý thuế (gọi chung là giao dịch thuế điện tử) theo quy định tại khoản 1 Điều 7 Thông tư 89/2026/TT-BTC, bao gồm:

- Người nộp thuế thực hiện các thủ tục hành chính với cơ quan thuế quy định tại điểm a khoản 2 Điều 5 Luật Quản lý thuế 2025;

- Cơ quan thuế gửi các thông báo, quyết định hành chính và các văn bản, quyết định khác cho người nộp thuế; tiếp nhận hồ sơ, tài liệu, phản hồi, trả kết quả xử lý; kiểm tra thuế quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 5 Luật Quản lý thuế 2025;

- Cơ quan thuế cung cấp các dịch vụ hỗ trợ để người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ và quyền lợi về thuế.

4. Mẫu hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức thi hành Luật Quản lý thuế.

TOÀN VĂN THÔNG TƯ 89/2026/TT-BTC :

Tại Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định toàn bộ mẫu hồ sơ khai thuế bao gồm:

(1) Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế

(2) Hồ sơ giải trình hồ sơ khai thuế

(3) Gia hạn nộp hồ sơ khai thuế

(4) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng

(5) Hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt

(6) Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp

(7) Hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân

(8) Hồ sơ khai thuế tài nguyên (Trừ hoạt động dầu khí và bán dầu khí)

(9) Hồ sơ khai thuế bảo về môi trường

(10) Hồ sơ khai thuế, khoản thu khác liên quan đến sử dụng đất đai

(11) Hồ sơ khai khoản thu khác

(12) Hồ sơ khai lợi nhuận, cổ tức nộp ngân sách nhà nước

(13) Hồ sơ khai phí, lệ phí cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài

(14) Hồ sơ khai thuế và các khoản thu đối với hoạt động dầu khí

(15) Hồ sơ khai thuế đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài;

(16) Hồ sơ khai thuế của nhà cung cấp nước ngoài

(17) Hồ sơ kê khai và nộp thay số thuế đã khấu trừ của tổ chức kinh doanh tại Việt Nam áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng là phương pháp khấu trừ thuế khi mua hàng hóa, dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài.

(18) Hồ sơ khai thuế thay của chủ quản nền tảng TMĐT, nền tảng số

(19) Biểu mẫu khấu trừ thuế đã nộp ở nước ngoài.

 Tải trọn bộ mẫu hồ sơ khai thuế:

5. Quy định chuyển tiếp Thông tư 89/2026/TT-BTC

Theo Điều 100 Thông tư 89 2026 TT BTC quy định chuyển tiếp như sau:

(1) Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026, người nộp thuế thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực. Các quyết định, thông báo của cơ quan thuế đã ban hành trước ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được thực hiện theo nội dung đã ban hành cho đến khi hết thời hạn thực hiện hoặc hết hiệu lực.

(2) Quy định tại điểm c.4 khoản 1; các điểm b, c, d, đ và điểm e.1 khoản 3; khoản 4 Điều 19 Thông tư 89 2026 TT BTC thực hiện đến hết ngày 31 tháng 12 năm 2026.

(3) Khoản tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phát sinh trước ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành nhưng chưa được xử lý trước ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thì được áp dụng quy định tại Thông tư 89 2026 TT BTC.

(4) Đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc theo phương thức đối tác công tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao đã được cơ quan thuế tiếp nhận, giải quyết xong hoặc cơ quan thuế tiếp nhận nhưng chưa giải quyết xong trước ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành hoặc cơ quan thuế chưa tiếp nhận được áp dụng quy định về thành phần hồ sơ tại điểm b.4.1 khoản 1 Điều 46 Thông tư 89 2026 TT BTC.

(5) Đối với các hồ sơ hoàn thuế, hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, xóa tiền thuế nợ đã phát sinh và được cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiếp nhận nhưng đến ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành chưa giải quyết xong, cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiếp tục thực hiện theo trình tự, thủ tục xửlý hồ sơ áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực, trừ quy định tại khoản 4, khoản 6 Điều này.

Hồ sơ khai thuế mà người nộp thuế đã khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế của kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026 nhưng chưa gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế thì áp dụng mẫu biểu đề nghị hoàn thuế theo quy định trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực cho đến thời điểm quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư này. Trường hợp người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế sau thời điểm quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư này thì thực hiện đề nghị hoàn thuế theo mẫu biểu quy định tại điểm a.2, điểm b.2 khoản 1 hoặc điểm b khoản 2 Điều 46 Thông tư này.

(6) Đối với các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế theo Điều ước quốc tế không phải là Hiệp định thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành, nếu hồ sơ đáp ứng đầy đủ thành phần, thông tin và tài liệu theo quy định tại Thông tư 89 2026 TT BTC thì cơ quan thuế tiếp tục xử lý theo quy định tại Thông tư 89 2026 TT BTC.

(7) Tổ chức đã tham gia kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế trước thời điểm Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực thi hành tiếp tục kết nối nếu vẫn đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối theo quy định tại Thông tư 89 2026 TT BTC và Quy chế trao đổi, cung cấp thông tin phục vụ thu ngân sách nhà nước của Cục Thuế; trường hợp không đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối theo quy định thì tổ chức phải hoàn thiện để đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối.

(8) Đối với các thủ tục kết nối, chia sẻ thông tin giữa cơ quan thuế với cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức, cá nhân trong tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính thuế cho người nộp thuế bằng phương thức điện tử thực hiện theo mẫu biểu, thủ tục, phương thức giao dịch điện tử đang áp dụng trước thời điểm Thông tư 89 2026 TT BTC có hiệu lực, cho đến thời điểm cơ quan thuế thông báo chính thức áp dụng thống nhất trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã hướng dẫn chi tiết nhiều nội dung quan trọng của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, tạo cơ sở pháp lý thống nhất cho việc thực hiện các thủ tục về đăng ký, khai, nộp và quản lý thuế. Người nộp thuế, doanh nghiệp và hộ kinh doanh nên chủ động cập nhật các quy định mới để thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, hạn chế rủi ro và bảo đảm tuân thủ quy định pháp luật khi Thông tư chính thức có hiệu lực.